Após a criação da sede episcopal do Pará em 1719, o padre jesuíta Gabriel Malagrida fundou o Seminário Nossa Senhora das Missões em 1745. O tempo passou e o prédio da era colonial que abrigava o Seminário desgastou-se e precisou ser fechado para reformas. Entre relocações, adaptações e transformações, a casa formativa recebeu de Dom Antônio Macedo Costa, o nome de Seminário Maior Nossa Senhora da Conceição.

Em 1953, Belém sediou o VI Congresso Eucarístico Nacional e Dom Mário de Miranda Villas Boas, então Arcebispo Metropolitano, vê nessa ocasião uma oportunidade para iniciar a campanha de aquisição de terreno e construção de um novo Seminário, sob a proteção de São Pio X, grande difusor do culto Eucarístico e Pontífice que elevou a Diocese de Santa Maria de Belém do Grão Pará à Arquidiocese, em 1906.

Dom Mário fomentou em sua Igreja o desejo pelo Seminário, mas coube ao seu sucessor, um bispo paraense, Dom Alberto Gaudêncio Ramos, continuar o sonho. Muito apoiado por seu auxiliar, Dom Tadeu Prost, ambos se empenharam em angariar recursos financeiros para a construção da nova casa de formação sacerdotal. Dom Tadeu viajava anualmente para sua terra natal, os Estados Unidos, onde coletava doações de familiares e amigos.

Em março de 1958 eles conseguiram, por doação da Prefeitura Municipal de Belém, um terreno grandioso localizado à margem da BR 316, principal entrada e saída da cidade. A partir desse fato, na memória da Igreja Amazônica, se escrevia uma história marcada pela Providência de Deus manifestada na generosidade de tantas pessoas que ajudaram na obra.

Após as construções, a 19 de maio de 1966, aproveitando a visita de Dom Sebastião Baggio, Núncio Apostólico do Brasil, foi inaugurado o Seminário sob a devoção do Papa da Eucaristia, Papa Pio X (1835-1914), com uma solene celebração eucarística muito prestigiada por autoridades e fiéis de todo o estado que queriam presenciar o ato histórico.

Em 1999, o Seminário passou por algumas reformas estruturais, e passou a abrigar o Centro de Cultura e Formação Cristã, e também o Instituo Regional de Formação Presbiteral, agora chamado de Instituto Dom Vicente Zico, além do Seminário Propedêutico Dom Tadeu Prost e, desde 2013, a Paróquia São Pio X.

Já em 21 de junho de 2016 em comemoração aos 400 anos da cidade de Belém e da Evangelização da Amazônia foi implantada a Faculdade Católica de Belém (FACBEL), que atualmente conta com renomados professores em nível de graduação e de pós-graduação, especialistas, mestres e doutores, que atendem não só os seminaristas, mas leigos de toda a sociedade.

Em seu meio século de existência, muitos foram os momentos marcantes, entre eles a visita e hospedagem do Papa João Paulo II, em julho de 1980. Após visitar uma colônia de hansenianos na cidade de Marituba, região metropolitana, o Santo Padre almoçou e repousou no Seminário São Pio X que até hoje mantém essa lembrança viva através de placas, fotos, recortes de jornais e o quarto onde repousou o então Pontífice, agora santo.

O Seminário Maior São Pio X, coração da Igreja de Belém, como é exaltado pelos padres que nele foram formados, se renovando sempre em vigor e criatividade. Uma história de desafios e aprendizado, testemunha das transformações da Igreja e fidelidade ao Evangelho.